Der Chemieunterricht wird ab der 8. Klasse zweistündig erteilt. Zusätzlich wird Chemie im Rahmen des Wahlpflichtunterrichts „Naturwissenschaften“ ab Klasse 8 angeboten, in dem die Schüler in kleinen Gruppen eigenständig Versuche planen und ausführen.

In der Kursphase der Oberstufe wählen die interessierten Schüler Chemie als Grund- oder als Leistungskurs und somit auch als eines ihrer fünf Prüfungsfächer zum erfolgreichen Bestehen des Abiturs. 

Chemische Versuche stehen in vielen Fällen im Mittelpunkt des Unterrichts, häufig in Form von Gruppenexperimenten oder als selbstständige Arbeit an Stationen. Die Teilnahme der Schule am Sinusprojekt der Bundesregierung zur Förderung des naturwissenschaftlichen Unterrichts hat dazu viele neue Anregungen erbracht.

Die Chemie gibt den Schülern vielfältige Informationen, um sich in der heutigen Zeit zurechtfinden zu können. Themen wie der sorgsame Umgang mit der Umwelt, Chancen durch neue Werkstoffe und Medikamente, aber auch Gefahren, die aus dem verantwortungslosen Gebrauch der Produkte der Chemie für den Einzelnen und für die Gesellschaft entstehen können, werden im Unterricht der Chemie behandelt. 

Fundierte Kenntnisse aus der Chemie sind die notwendige Grundlage für die moderne Biologie, insbesondere für die Gentechnologie. Sie wird in der Zukunft eine wachsende Bedeutung für unser Leben haben. Gute chemische Kenntnisse helfen besonders den Schülern, die in der Medizin, der Pharmazie und den Ingenieurwissenschaften eine Ausbildung oder ein Studium beginnen wollen. 
 
Die Marienschule verfügt über zwei Fachräume, einen Hörsaal für Demonstrationen und einen Experimentierraum.